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OpenMX (Open source package for Material eXplorer)

OpenMX(Open source package for Material eXplorer)は密度汎関数理論(DFT)、ノルム保存型擬ポテンシャルおよび擬原子基底関数を用いて、原子レベルから物質の第一原理シミュレーションを実行するためのソフトウェア・パッケージです。

ホームページ

http://www.openmx-square.org/

マニュアル

バージョン3.9

 

バージョン3.8

インストール済みバージョン (2020-12-10)

3.9.2, 3.9.0

3.8.4, 3.8.0

物性研スパコン(システムB)での利用方法

  • OpenMXのバイナリ
  • /home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.2-1/bin/openmx
  • VPSとPAO(擬ポテンシャルと基底)のインストール場所
    /home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.2-1/DFT_DATA19/

    システムB上でこの擬ポテンシャルと基底を使う場合には, OpenMXの入力ファイルに以下のキーワードを加えてください.

    data.path          /home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.2-1/DFT_DATA19/

    下記のサンプル入力ファイルにはこのキーワードが加えられています.

  • サンプルスクリプトと入力ファイルの場所
    /home/issp/materiapps/intel/openmx/sample_script/openmx.sh
    /home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.2-1/work/
  • 実行例
    1. サンプルスクリプトと入力ファイル(上記ディレクトリの中から好きな*.datファイルをお選びください)の準備
      $ cp /home/issp/materiapps/intel/openmx/sample_jobscript/openmx.sh .
      $ cp /home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.2-1/work/Methane.dat .
    2. Methane.datに以下をファイルの行末に付け加えます。

      data.path          /home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.2-1/DFT_DATA19/
    3. ジョブのサブミット

      openmx.shの最後の行にあるinput.datをMethane.datに変えた後、以下のコマンドを実行します。

      $ sbatch openmx.sh
    4. 計算が終了すると、各種ファイルが出力されます(Methane.dat.outなど)。
  • コンパイル時に用いられたオプション等は下記のファイルを参照してください.
    /home/issp/materiapps/intel/openmx/openmx-3.9.2-1.log

物性研スパコン(システムC)での利用方法

  • OpenMXのバイナリ
    /home/issp/materiapps/openmx/openmx-3.9.2-1/bin/openmx
  • VPSとPAO(擬ポテンシャルと基底)のインストール場所
    /home/issp/materiapps/openmx/openmx-3.9.2-1/DFT_DATA19/

    システムB上でこの擬ポテンシャルと基底を使う場合には, OpenMXの入力ファイルに以下のキーワードを加えてください.

    data.path          /home/issp/materiapps/openmx/openmx-3.9.2-1/DFT_DATA19/

    下記のサンプル入力ファイルにはこのキーワードが加えられています.

  • サンプルスクリプトと入力ファイルの場所
    /home/issp/materiapps/openmx/sample_script/openmx.sh
    /home/issp/materiapps/openmx/openmx-3.9.2-1/work/
  • 実行例
    1. サンプルスクリプトと入力ファイル(上記ディレクトリの中から好きな*.datファイルをお選びください)の準備
      $ cp /home/issp/materiapps/openmx/sample_script/openmx.sh .
      $ cp /home/issp/materiapps/openmx/openmx-3.9.2-1/work/Methane.dat .
    2. Methane.datに以下をファイルの行末に付け加えます。

      data.path          /home/issp/materiapps/openmx/openmx-3.9.2-1/DFT_DATA19/
    3. ジョブのサブミット

      $ qsub openmx.sh
    4. 計算が実行されると、各種ファイルが出力されます(Methane.dat.outなど)。
  • コンパイル時に用いられたオプション等は下記のファイルを参照してください.
    /home/issp/materiapps/openmx/openmx-3.9.2-1.log
  • ソフトウェア利用率測定については 該当ページ をご覧ください.

問い合わせ先

  • OpenMXの利用方法(インプット作成など)、機能などについて
    OpenMXフォーラム: http://www.openmx-square.org/forum/patio.cgi
  • 物性研スパコンシステムにおける実行方法について
    物性研スパコン対応ソフトウェア相談窓口
    center-apps@issp.u-tokyo.ac.jp