LAMMPS

オープンソースの汎用古典分子動力学アプリケーション。ソフトマター、固体、メソスコピック系などの多くの系で動力学計算を行うことができる。原子の動力学計算や一般的な粒子のシミュレーターとしても利用可能で、空間分割を用いた並行計算にも対応する。GPLライセンスを採用し、コードは変更や拡張が容易となるようにデザインされている。

参考文献

提供バージョン

LAMMPS 本体

  • stable-17Nov2016

パッケージ

http://lammps.sandia.gov/doc/Section_packages.html にあるパッケージリストのうち、 以下のパッケージ以外が導入されています。

  • KIM
  • KOKKOS
  • VORONOI
  • USER-MOLFILE
  • USER-QUIP
  • USER-VTK

これらは、必要な外部ライブラリが物性研スパコン上で提供されていないために、インストールされていません。

システムBでの利用方法

環境設定

LAMMPS は

/home/issp/materiapps/lammps/
以下にバージョンごとにインストールしてあります。
$ source /home/issp/materiapps/lammps/lammpsvars.sh
とすることで、最新のインストール済みバージョンのディレクトリが環境変数 LAMMPS_ROOT に設定され、 実行バイナリのあるディレクトリ $LAMMPS_ROOT/binPATH に追加され、 必要なライブラリの場所が LD_LIBRARY_PATH に追加されます。

 

実行バイナリ

lmp_mpilmp_gpu の2つの実行バイナリを準備しています。 lmp_gpu はGPU パッケージをサポートしたもので、ACC ノードでのみ実行可能です。 lmp_mpilmp_gpu は共にMPI 環境としてSGI/MPT を用いているため、 実行にはたとえ1プロセスであってもmpijob が必要となります。

計算例

$LAMMPS_ROOT/examples にLAMMPS公式のサンプル集があります。ご自身のディレクトリにコピーしてお使いください。

 $ cp -r $LAMMPS_ROOT/examples .

問い合わせ先

  • 物性研スパコンシステムにおける上記アプリケーションの実行方法等について
    • 物性研スパコン対応ソフトウェア相談窓口
      • center-apps@issp.u-tokyo.ac.jp
  • 入出力ファイルの形式など、アプリケーション固有の事項に関しましては、LAMMPS の公式にお問い合わせください。

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