高分子系の動的性質を、シミュレーションのデータから解析するために用いられてきた方法に、緩和モード解析の方法がある。この方法は、タンパク質の静的性質の解析に用いられる主成分解析の方法の動的拡張になっていると見ることができる。良溶媒中の孤立高分子鎖の系および複数の準安定状態を持つ小ペプチド鎖の系のシミュレーションを行い、その結果に主成分解析と緩和モード解析を適用し、これらの方法の比較検討を行う。